बूढानीलकण्ठ नगरपालिका जैविक विविधताले महत्वपूर्ण मानिएको नगरपालिका हो। यस नगरपालिकाको अवस्थिति उत्तरको शिवपुरी संरक्षण क्षेत्रसम्म फैलिएका कारण नगरपालिका भएर पनि यसमा झण्डै ४२ प्रतिशत भन्दा बढी भूभाग वनजङ्गल र बूट्यान छ। शिवपुरी राष्ट्रिय नोकुञ्ज रहेकै कारणले गर्दा यस क्षेत्रमा विभिन्न प्रकारका वनस्पति तथा वन्यजन्तुहरु पाईन्छ।
यस क्षेत्रमा पाईने मुख्य जडिबुटिहरुमा लौठसल्ला, सुगन्धवाल, चिराईतो, जटामसी, धसिँगरे, कटुकी, पाखनवेद, कुरिलो, सतिवयर, नुनढिकी, झ्याउ, पदमचाल, गुराँस, लप्सी, बेल अदि हुन्।
नगरमा पाईने मुख्य जनावरहरुमा पाटे बाघ, सालक, चितुवा, भालु, बँदेल, दुम्सी, खरायो, स्याल, रतुवा, मृग, लङ्गुर, बाँदर आदी छन् भने चराचुरुङ्गीमा कालो कन्ठे चिचिल्कोटे, सिपराजा बुङेचरा, आसि डोङ्रो, काग, परेवा, चिवे, कालिज, हुचिल, लाटोकोसेरो, भँगेरा, मैना, सुगा, बाज, ठेउवा, जुरेलि, फिस्टा, तित्रा, बक्कुल्ला, चिल, गिद्ध, वनकुखुरा, ढुकुर जस्ता पंक्षी पाईन्छन्। गोहोरो , सर्प, छेपारि, माउसुली जस्ता सरीसर्प, भ्यागुतो जस्ता उभयचर, बिच्छी, फट्याङ्ग्रा, वन मौरी, अरिङ्गाल, बारुलो र विभिन्न जानका अन्य किराहरु पाईन्छन्।